Las complicaciones y efectos secundarios de los tratamientos endoscópicos para la obesisad son mínimos en comparación con los beneficios que pueden aportar al paciente.

Los tratamientos endoscópicos producen muchas menos complicaciones y efectos secundarios que cualquier tratamiento quirúrgico (banda gástrica, gastroplastia tubular, by-pass etc) pero evidentemente se trata de algo más que una dieta. A pesar de ser tratamientos no quirúrgicos, tanto el balón gástrico como el método Apollo no están exentos de riesgos o molestias practicamente siempre leves y pasajeras.

Complicaciones en la colocación o retirada del balón
Están relacionados con la gastroscopia y la sedación necesarias en ambas intervenciones. El procedimiento es desde el punto de vista técnico relativamente sencillo, y las complicaciones son excepcionales. La entrada en el estómago con un endoscopio, es muy sencilla, po lo que la colocación del balón no acarrea especiales dificultades si se utilizan la prótesis o dispositivos adecuados.  La retirada puede ser un poco más complicada. En ocasiones se acumula fibra en torno al balón, lo que puede obligar suspender la operación de  retirada para que el paciente se someta unos días a dieta líquida y reintentarlo un tiempo después. Muchas veces se suele recurrir a la dieta antes de la retirada para evitar esta complicación. También puede darse el caso de que el balón se rompa en la extracción y necesite varios intentos. Pero todos esos casos son excepcionales y normalmente el paciente está fuera de la clínica en una hora.

Complicaciones o efectos secundarios del Método Apollo.                                                                                  En En el caso del método Apollo no hay nunca o casi nunca complicaciones inmediatas, el paciente puede dirigirse a su casa sólo unas horas después de la endoscopia y volver a a su vida normal rápidamente.

El único "inconveniente" es la adaptación a una dieta progresiva: primero sólo líquidos, luego dieta blanda y a partir de la cuarta semana se puede hacer una dieta nomal (bajo la supervisión de los nutricionistas).

Es un método tan seguro que el paciente puede hacer deporte al día siguiente de realizarse el procedimiento.